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食用菌的栽培方式有很多种，如生料、发酵料、半熟料、熟料等，但培养基的处理并不能保证是绝对无菌的，特别是夏天。在夏季高温、高湿、微生物活跃的环境下，即便是熟料栽培，也很容易导致因污染而导致栽培失败。那么可以从以下几个方面着手控制：
配方比例的控制
在食用菌工厂化生产中，有些品种在夏季有专用的夏季配方，但是配方调整范围不大，工厂化生产夏季因配方导致的污染较少。但对于小规模栽培，在夏天就应该注意配方中营养料的添加比例，适当减少营养料的比例，高营养不但不能促进生长，反而容易导致细菌感染。
避免培养料的酸化
在夏季菌菇培养过程中，食用菌菌料的搅拌、装袋、灭菌环节很容易出现酸化情况，培养料一旦酸化，就会造成营养损失，从而提高菌菇的染菌率。
首先是拌料环节，夏季食用菌生产拌料要做到随拌随用，即当天拌料，当天装袋，否则会导致培养料酸化。其次是装袋环节， 拌料后，装袋要在最短的时间内完成，一方面减少培养料因时间长而酸化，另一方面防止装袋后，等待灭菌的时间过长，在栽培袋内酸化。在就是灭菌环节，装袋后，要尽快灭菌，密闭的菌袋环境，加上夏季“两高一活跃”的因素，培养基很容易酸化。
发菌温度的控制
发菌温度夏季要想办法降低发菌温度，如果发菌温度长时间高于25℃，红色链孢霉等高温条件治病杂菌很容易出现。夏季生产中，要合理确定生产量，工厂化生产要根据培养房空调的制冷降温能力确定产量，不能为了数量而生产。农户在夏季生产中，要尽可能减少摆放密度，增加菌袋之间的空隙，降低菌袋之间的积温。
通风和消毒
夏季培养室、发菌棚要注意通风，保持培养房空气的新鲜度，避免高温、高湿、通风不良三种情况同时存在。同时，夏季更要注意生产环境的药物消毒，要提前预防，不能等到污染率失控在加大药物消毒力度。
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