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滑子菇接种后的菌盘或袋码垛发菌，垛高10层左右，上面覆盖草帘或棉帘。禁用塑料布或苫布封严，最佳垛温为4—6℃.发菌管理分为三个时期。
1. 发菌前期：即接种后到菌种定植的期间。此期的管理要点：既要保温又要通风换气。保温的目的是满足菌丝在低温下生长的要求；通风换气是为了保证菌丝体生长时有足够的氧气，同时，排除二氧化碳。定植的菌袋要及时倒垛，此期要经历15—25天。
2. 发菌中期：即菌丝连接到长满菌盘或菌袋接种点连接的时期。此期开始菌盘上架、菌袋分垛，由于菌丝体生长速度加快、呼吸作用加强，应注意菇棚内通风换气，确保菇棚内空气新鲜。此期需25—30天。
3. 发菌后期：菌丝体长满整个培养基到形成桔黄色蜡质层期间。管理要点：提高菇棚内散射光强度，将菇棚内温度提高到18—23℃，促进蜡质层的正常形成。由于夏季气温高，菌袋需要安全越夏，此期不单是给菇房通风，并且加盖遮荫物，控制菇棚内温度不超过28℃。同时还要将蜡质层形成较差的菌盘袋移到光线充足、通风良好的地方，促进蜡质层的正常形成，以利于安全越夏。