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一、生产环境清洁管理
1. 及时清理生产区域及周边环境，确保生产环境卫生，防止洪水带来的有害杂菌滋生并对下一步生产造成不利影响。
2. 对已经出菇或即将出菇遭受浸水棚室，如能迅速将水排净，需进行清淤工作，强排水时注意安全用电操作，清淤后喷洒漂白粉40克/㎡；或表面撒石灰粉进行消毒，减少环境污染。同时保持棚内空气畅通，降低菇棚内的湿度。
二、棚室加固与维修
1. 及时检查棚室坚固情况，评估生产设施是否安全，确认设施坚固安全后方可进行生产活动。棚室出现裂痕的，应及时将菌棒转移到安全、坚固的棚室进行后续出菇。
2. 棚室出现垮塌或棚膜出现损坏的，待天气条件许可，确保安全的前提下进行清理、维修加固与安装，注意施工人员安全，避免次生灾害发生。
三、食用菌生产管理
1. 在确认工作环境安全的前提下，对雨水浸泡的菌棒按浸泡程度分为轻微、中等、严重几类分区域管理。
2. 对于生产用菌种遭受浸泡，不可再用于生产，应重新制种或从种源单位调剂。
3. 地栽出菇品类，应及时将冲出菌棒重新埋好，选用未受雨水浸泡相对洁净土壤更换表面覆土，同时覆盖其余裸露畦面，继续出菇。
4. 新接种制作的菌棒遭水浸泡的应及时拆袋，重新调配营养，重新制作菌棒。
5. 越夏香菇在将棚室清理干净后，及时划口将菌袋内的积水放出，降低烂棒率。
6. 发菌期菌棒应放在地势较高，具有较好排水条件的清洁地方发菌、出菇。
7. 高温季节，注意采用物理隔离或灯光诱杀的方法防治虫害，避免用药。
8. 吸取经验教训，生产区域设置排水沟，重建或新建食用菌生产设施一定要有排水，并遵守“地势高燥”的选址原则。