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袋栽香菇污染往往是高温、高湿环境导致的，比如红色面包霉也就是链孢霉、 木霉等恶性污染菌。在秋冬季节，由于环境温度和湿度的关系，受污染的情况相对要少些。
其次，袋栽香菇实质上是在香菇菌种上出菇，为了减少杂菌污染，提高袋栽香菇制种成品率，在遵循菌种制作的一般要求的基础上，还须注意以下几点:
①选用质量较好的聚乙烯或聚丙烯塑料菌种袋
②木屑、麸皮、米糠等先过筛，筛孔孔眼为6-8*6~8毫米，如量多，可选用食用菌拌料机进行菌料的搅拌和翻堆
③装料、灭菌、接种、搬运等操作中，采取必要措施，尽量减少破损
④严格挑选菌种，严格进行无菌接种
⑤将菌袋培养温度控制在23 -24度范围内。
总的来说，要想减少污染，就得有效控制环境温度和湿度，菌种培养室的场所尽量选在较凉爽且平整的地方。在杂菌零星发生时，应及时处理，将损失控制在最低程度。
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